Alle Schülerinnen und Schüler der Primarschule durchlaufen das Übertrittsverfahren für die Sekundarschule oder das Langzeitgymnasium (LZG). Das Übertrittsverfahren beginnt im zweiten Semester der 5. Klasse und endet in der 6. Klasse mit dem gemeinsamen Entscheid der Eltern und der Klassenlehrperson.
Das Übertrittsverfahren dient hauptsächlich dazu, die schulischen Fähigkeiten und Entwicklungsmöglichkeiten des einzelnen Kindes gezielt wahrzunehmen und einzuschätzen. Die im Verlaufe des Übertrittsverfahrens gewonnenen Einsichten sollen den Erziehungsberechtigten, den Lehrpersonen und den Kindern helfen, das am besten geeignete Schulangebot der Sekundarstufe I zu finden.
Schülerinnen und Schüler, die in die Sekundarschule übertreten, besuchen in Nottwil die Integrierte Sekundarschule (ISS). Das Langzeitgymnasium besuchen die meisten Jugendlichen aus Nottwil in Sursee.